Los primeros días de un tratamiento de ortodoncia es normal experimentar algunas molestias que irán desapareciendo por sí solas. Durante el llamado "periodo de adaptación" (que suele durar una semana o diez días aproximadamente) puede sentirse un cierto dolor debido a la presión que los brackets, arcos o alineadores realizan sobre los dientes para tratar de moverlos, pero también al hecho de que pueden producirse rozaduras contra las mucosas (el interior del labio y de las mejillas en ortodoncia lingual o invisible). En algunos casos también se pueden tener dificultades para pronunciar ciertos sonidos con normalidad hasta que el paciente se acostumbra a tener "un cuerpo extraño" en la boca.
Es importante resaltar que, al igual que sucede con los brackets, los alineadores transparentes requieren un periodo de adaptación debido a la presión suave, pero constante, que ejercen sobre la dentadura, que puede provocar que los primeros días se tenga dolor al morder (que ira desapareciendo). En algunos casos también pueden aparecer pequeñas heridas y roces debido a que el corte de los moldes se hace por láser y, el borde puede llegar a molestar en algunos cosas, pero se soluciona limando esos bordes hasta que resulten confortables al paciente.
Para aliviar las habituales rozaduras y heridas en las mucosas (en la lengua en el caso de ortodoncia lingual y en la cara interna del labio y mejillas en el caso de los brackets convencionales o vestibulares) que pueden ocasionarse los primeros días con brackets aparezcan roces y heridas en las mucosas, se recomienda el uso de cera especial para ortodoncias que ayudan a evitar el roce.